提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
江西今年计划实施3527个省大中型项目 总投资4.42万亿元******
中新网南昌1月12日电 (袁汝晶)2023年江西将充分发挥投资的关键作用,持续打好六大领域“项目大会战”,强力推进项目建设“四大攻坚行动”,2023年初步计划实施3527个省大中型项目,总投资4.42万亿元左右,年度计划完成投资1.56万亿元左右。
正在召开的江西省两会上,江西省发展和改革委员会主任张和平就江西省2022年国民经济和社会发展计划执行情况与2023年国民经济和社会发展计划草案作书面报告时如是说。
张和平介绍,2022年,江西全力打好六大领域“项目大会战”,常态化推进节假日“重大项目不停工、重点企业不停产”,强力实施项目建设“四大攻坚行动”,特别是面对疫情反复,努力做到“在建项目不停、施工强度不降、开工时间不拖、协调力度不减、项目谋划不断”,预计省大中型项目、省重点工程投资分别完成年度计划的125%、128%。
“2023年,江西将充分发挥内需对经济增长的拉动作用,把实施扩大内需战略同深化供给侧结构性改革有机结合起来,持续激发内需潜力,力促经济回归潜在增长水平。”张和平表示,将深入实施扩大内需战略,巩固提升回稳向好态势。
在基础设施方面,江西将以联网、补网为重点,持续补足交通、能源、水利等传统基础设施短板,开工建设通城至铜鼓高速、弋阳至南丰高速、定南及南城通用机场、乐平水利枢纽等项目。建成昌景黄高铁、南昌东站、信丰至南雄高速公路、赣州港五云码头等项目,争取鄱阳湖水利枢纽工程尽快开工。
在生态环保方面,江西今年将开工建设吉安雨污管网及配套基础设施、共青城水环境综合治理、赣州龙晟新材料退役锂电池综合利用、上饶同鑫环保资源综合利用及环保设备制造等项目,建成新余生态环境产业综合处置利用、靖安矿山整治生态修复、抚州鑫科环保多金属资源回收综合利用等项目。
此外,2023年,江西还将培育壮大消费新业态新模式,积极发展首店经济、首发经济、夜间经济,推进智慧商圈、绿色商场、智慧商店示范创建,扩大城市一刻钟便民生活圈试点,促进直播电商、社群电商等新业态健康发展。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)